Threefindo berdiri pada awal tahun 1998 di Surabaya dengan bisnis utamanya adalah memberikan layanan untuk peti kemas berpendingin, seperti modifikasi, perawatan, dan perbaikan, penjualan unit, penyewaan, dan pemantauan, dan lain sebagainya. Pelanggan pertama perusahaan ini adalah RCL (Regional Container Lines) kemudian diikuti oleh beberapa perusahaan pengiriman lokal. Seiring berjalannya waktu, semakin banyak pelanggan perusahaan yang datang, yang berarti perusahaan ini semakin dapat diandalkan dan aktivitasnya juga meningkat.

Layanan peti kemas berpendingin merupakan aktivitas pertama Threefindo, seiring berjalannya waktu dan dengan peningkatan keterampilan dan pengalaman, unit ini kemudian meningkatkan aktivitasnya dengan memberikan lebih banyak layanan tidak hanya untuk peti kemas berpendingin tetapi juga peti kemas kering, truk, pembersihan peti kemas, dan tangki iso.